工程预算审计主要针对工程项目决算的，在一个建设项目竣工完成，建设单位与施工单位结算工程款时进行的。工程预算审计就是工程预算审核（审价），是工程预算咨询单位咨询业务的一部分。受业主委托对其工程项目的概算、预算及结算等，依据现行 政策法规、计价依据及相关工程技术资料对送审造价的工程量、单价及取费等进行逐项审核。在运用工程量清单计价模式进行工程预算审计工作时，可以从以下几个方面来进行：
工程预算造价定额项目已包含造价材料现场运输用工，未包含由相关部门规定配送而发生的配送费平整场地是指建筑场地土石方厚度≤±30cm的就地挖、填及平整。挖填土石方厚度＞±30cm时，挖填土石方根据场地土方平衡竖向布置图，按一般土石方相应规定计算，不再计算平整场地。回填土定额项目分为松填、夯填。松填是指设计要求有回填范围(面积)，标高及堆积土的平整度；夯填除了有松填的上述要求外，还应按设计密实度要求分层回填并夯实。没有设计回填范围(面积)、标高和平整度要求的弃土，不得按松填计算。
工程预算进度计划的编制依据包括：
(1)经过审批的建筑总平面图及单位工程的全套施工图及地质及地形图、工艺设计 图、设备及基础图、采用的各种标准图等图纸及技术资料。
(2)施工组织总设计对本单位工程的要求及施工总进度计划。
(3)要求的施工工期及开、竣工时间。工程准备阶段文件（由建设单位按项目立卷包括24项文件材料）：1、立项申请报告及批复；2、可行性研究报告及批复；3、环境影响报告书或环境影响报告表或环境影响登记表；4、固定资产投资项目年度计划；5、建设用地批准书；6、国有土地使用证及附图；7、拆迁补偿安置协议；8、建设用地规划许可证及附图；
工程预算审查结算工程量计算的准确性。根据经过多部门竣工验收而终确认的工程量和工程量计算规则，审查结算工程量的计算。工程量计算的是否准确直接影响着分包工程的计价。因此，在审查工作量时应正确划分项目，按照施工图的设计说明和 规定的计算规则计算，实事求是的反映真实工程量。审查定额子目套用和费率计取的正确性。首先，检查子目列项的名称、规格、计量单位与地区估价表是否一致，定额换算是否准确；其次，查看定额所列工程内容，检查套用的定额是否重复、高套或错套。审查取费标准或综合单价及费率与分包工程合同价格条款约定是否相符，综合费率是否准确，综合单价是否正确，套用综合单价的工程内容是否重复、交叉、错列。